今年的行政院科技顧問會議上，中研院李遠哲院長提出了一個建議，希望教育部在未來一、二十年內能選擇一至三個大學做重點研究大學，給予充足的經費，達到追求卓越，並成為世界一流大學的目標。
李遠哲院長的建議對醫學院或醫學大學可能更為迫切，因二十一世紀的科學發展將以生物科技及生命科學為主軸，而且生物科技只有第一沒有第二，如果無法達到世界一流，生科產業前途堪虞。台灣如果不趁現在生物醫學起步的當兒急起直追，深恐在幾年後將為時已晚，對台灣的生技產業及醫學發展將影響深遠。
李院長之建議其實只點出了現實台灣國立醫學中心諸多困境之一端。影響台灣生物醫學發展的除了財物以外，教育部在會計及人事制度上之鬆綁，可能必須同時配合，否則僵化的人事制度及會計制度將會拖殺這些大學的發展，是無法成就一流大學的。此外，現時存在各大醫學中心領導系統的偏差及定位的不明必須在制度上予以改善，否則大學的庸俗化將一如台灣社會耗費太多力氣在內鬥上，嚴重阻礙大學的功能，更難能期待卓越的追求。
在生物科技將起飛的二十一世紀，很遺憾地正逢台灣經濟吃緊，國立大學直接面對衝擊。影響的層面包括新設系所的人事凍結以及預算的縮減達十至二十％。在教學醫院方面，健保局又將百分之三的教學補助款刪除，更是雪上加霜。台灣的公立大學人事制度僵化，一些不合時代的系所--如台糖及台鹽一樣，無法依市場需求做系所調整，以致在人事凍結的政策下，新設的系所如分子醫學研究所及生物科技研究所等重要學門，研究所是設立了，卻沒有教職，無法吸收新血加入大學，其影響十分深遠。許多生物醫學人才只有流向產業界，使大學失去了晉用人才的機會。此外，每個國立大學皆有或多或少功能不彰的教師，大學也缺少一套淘汰制度。因此，在一個系所內遂常造成運作上的困擾，在選舉掛帥的校園中，這些功能不彰的教師也往往有志一同，甚至造成人才的反淘汰，滋生不少事端。
醫學中心財政的吃緊也直接影響到附設醫院的運作。醫院領導者在現時健保局政策下皆面臨前所未有的經營壓力，包括績效獎勵金的發放及主治醫師花在教學及研究的時間受到擠壓。很多醫學中心堅守研究與教學的學者也開始對自己的定位產生懷疑及困惑。在醫學院評鑑委員會（TMAC），今年對四家醫學中心的訪視中，委員們發現，醫學中心醫學院院長及附設醫院院長間的關係普遍不佳，甚至存在緊張的狀態，其中一個原因就是財務的吃緊所導致。要解決此一問題，政府對公立醫學中心必須再重新評估公立醫學中心的使命，給予必要的教學研究經費，並由醫學院院長來支配使用此一預算，避免像目前由醫院院長控管此一預算的偏差。此外，公立附設醫院的人事與會計制度必須鬆綁，使附設醫院院長能依照經營的法則，彈性地調整人事及運用會計。以目前台大醫院及成大醫院而言，在經營上都因僵化的人事及會計制度，使醫院的經營遠不如財團法人及私人醫院，而倍受經營上的壓力，更進而影響到教學醫院在教學及研究上的使命。
國立醫學中心的這些困境很慶幸地，在近兩三年來教育部及國科會相繼推出卓越計畫及國家型基因及製藥與生物科技計畫來彌補這個經費不足的缺憾。大學的另一財源管道是校友及民間的熱心捐助。但，台灣與美國不同的是，民間捐助的風氣不盛，因此捐助學術用途的社會資源相當有限，這與幾個宗教團體每年的信徒捐款動輒數億的情況相比直如小巫見大巫，是台灣社會相當諷刺的事。不過這個情況在電子業大廠與交大、清大的合作範例下似乎逐漸在改善中。未來大學及醫學中心如何與生物科技業界共同攜手合作，互補雙方的需求，將是各醫學中心相當重要的策略。
國立醫學中心面對的上述困境，除了積極尋求政府在預算上重新訂定政策外，人事與會計的鬆綁，以及大學內部領導體系的強化，一套彈性的人才晉用及淘汰制度都是關鍵。沒有一個好的配套措施，李遠哲院長口中的一流大學是很難達成的，一個卓越的國立醫學中心亦然。