基因調控與信息傳遞研究計畫--總主持人張文昌教授表示，本計畫的研究取材，將以研究細胞訊息傳遞及基因調控為主軸，推動細胞訊息傳遞研究從傳統『線』的研究進入『面』的研究階段。藉此探討『新機制』，尋求『新基因』，進一步研究其『新功能』，以達追求研究卓越的目標。將針對膀胱癌、大腸癌、肺癌與肝癌等台灣四種重要癌症，探討細胞癌化的訊息傳遞途徑，以對本土癌症的病理機制作出貢獻。
張教授認為面對二十一世紀後基因時代對生物科技發展及人材的培育帶來的新挑戰，所以相信解決方法必須從教育培養人才開始。成功的生物醫學教育又必需有強大研究實力作為後盾，故此應該整合了以成大為核心，加上高醫一群優秀的研究員，其中包括國際知名的學者，或深具潛力的後進研究員，又兼重臨床與基礎的專家，各有專長。以建立「傳承」的理念，使優秀的研究學者不但能提昇自己，同時亦提掖後進年輕研究員，幫助他們發揮潛力。
為使研究人員能開拓視野，建立與國外知名學者的聯繫實屬重要。藉著組成一個國內外傑出學者的顧問團，做定期必要的進度追蹤及進行必要的合作，更能使研究的品質得以確保及提升。同時我們也積極地和國外研究機構建立必要的研究合作關係，目前已經和日本神戶大學Biosignal Research Center的Yasutomi Nishizuka教授的研究團隊進行c-Jun及Sp1磷酸化機制的合作研究。而在ER stress訊息傳遞研究方面，也正與美國華盛頓大學病理學科Nelson Fausto教授進行合作，希望藉由和國外研究機構之間的研究合作，來提昇研究水準，以達追求卓越的目標。

血管生物學研究群研究計畫--總主持人吳華林教授認為血管疾病是一種相當常見之重要疾病，因為人口平均年齡的增加及生活整體環境的改變，國內外血管相關疾病的發生率直年上升。導致心肌血管病變、腦血管中風病變及周邊血管疾病等問題愈來愈嚴重，致使國家、社會、家庭之醫療負擔日益加重。本卓越研究計畫擬探討血管疾病病因及其發展機制，並藉以開發治療藥物，不僅可改善此類相關疾病的控制，同時對促進醫學進步及社會回饋更顯重要。
吳華林教授指出，血管生物學研究群體研究計畫之主要研究可達成目標包括：一、建置重要的血管生物學研究核心技術，成立相互支援之整合研究團隊，使此與計畫之個別研究室能藉由合作並運用此核合設備而產生卓越的研究成果；二、經由團隊研發合作，找出主要血管疾病的致病因子及其控制機轉，對血管疾病研究領域做出具體貢獻；三、經由團隊的努力，分析控制血管疾病的方法及發展控制血管疾病的新藥；四、提供完整的研究設施，培養具有團隊精神之優良的年輕研究人員，成為新一代傑出的研究學者；五、藉由舉辦相關性學術研討會，加強國內外之學術交流，使參與本卓越計畫之研究成員更具國際觀。
吳教授透露本計畫擬建立及包含的核心實驗室包括蛋白質體學核心實驗室、核酸表現分析核心實驗室、脂質分析實驗室及動物室等常設之共同使用設施，可做為推動血管生物學研究之基本動力來源，促進各研究室技術與經驗交流，形成實質團隊。並透過舉辦國內及國際學術研討會，使研究成果及心得得以推廣普及，厚植台灣之心臟血管生物學的研究能力，以達追求學術研究卓越之目標。
大學基礎教育補助計畫--總主持人潘偉豐教授將接受國家資助二千萬元，在未來四年內，進行醫學教育之改進。此名為「醫學教育新紀元--小班教學、多媒體、電腦網路教學」之計畫計有院內多位臨床及基礎學科的老師共同主持，包括蔡少正助理教授(生理所) 、孫孝芳助理教授(分子醫學研究所) 、薛尊仁教授(內科主任) 、許明隆副教授(醫學院視聽媒體製作中心主任) 、林啟禎教授(骨科) 、邱浩遠教授(整型外科主注、職能治療系主任及門診部主任) 、林秀娟教授(小兒科) 及周振陽教授(婦科主任)。此計畫提昇教學之目標將涵括下列各方面之最新發展：如小班教學(Problem Based Learning)、英文教學、臨床教材、人文教育、模擬實驗、網上考試、生物科技、生物資訊等。實際執行將共分為五個分項計劃來進行：(一)提昇生理學教學 。(二)推動病態生理學之問題導向小班教學 。(三)建立「醫學人文與醫學倫理教學」整合性課程，培養臨床溝通演練技巧。(四)推動臨床小班教學及教學診教材之製作。(五)生物科技及生物資訊教學之提昇。此群體計畫將為本院教學硬體上作出貢獻，例如設立小班教學教室、多媒體及網路教學設施等，並利用資源，補助相關老師出國參加國際教學研討會等交流活動。除推動院內相關之教學活動外，此計畫亦將與鄰近之大學及醫學院、國外先進教育機構進行交流教學經驗，預計日後將會主辦國際教學研討會，與國內外及院內同仁分享計畫之具體成果。參與之老師們期望在有限資源下，目前先作試點式之教學改進，並累積經驗作為本院教育籌劃更長期改革之基礎。
南台灣神經科學卓越研究中心計畫--獲得教育部補助，是繼兩年前教育部首批研究追求卓越案通過之後的另一次喜訊。查該次作業中，名為「南台灣神經卓越研究中心」之申請案，由國立中山大學陳慶鏗教授主持獲得，資助其四年期計畫兩億一千萬元。本院藥理所簡伯武所長及生理所潘偉豐所長分別主持其中兩個分項計畫，進行學習記憶與聽覺神經之可塑性研究。