學系
- 醫學系
- 基礎醫學學科(8)：
解剖、生理、藥理、生物化學、微生物、寄生蟲、工業衛生、人文及社會醫學等學科
- 臨床醫學學科(21)：
內科、外科、小兒科、婦產、泌尿、骨科、麻醉、神經、精神、耳鼻喉、皮膚、復健、眼科、家庭醫學、影像醫學、急診醫學、職業及環境醫學、腫瘤醫學、病理、高齡醫學、法醫等學科
- 護理學系
- 醫學檢驗生物技術學系
- 物理治療學系
- 職能治療學系
- 藥學系
- 牙醫系
- 公共衛生學系
研究所
- 碩士班：
生物化學暨分子生物學研究所、藥理學研究所、生理學研究所、微生物及免疫學研究所、臨床藥學與藥物科技研究所、環境醫學研究所、行為醫學研究所、分子醫學研究所、護理學研究所、公共衛生研究所、細胞生物與解剖學研究所、醫學檢驗生物技術研究所、物理治療研究所、職能治療研究所、口腔醫學研究所、老年學研究所、食品安全衛生暨風險管理研究所
- 博士班：
基礎醫學研究所、臨床醫學研究所、環境醫學研究所、臨床藥學與藥物科技研究所、健康照護研究所、跨領域神經科學國際博士學位學程、護理國際博士班
院級研究中心
- 嘉成高齡醫學研究中心
- 神經科學研究中心
- 東原糖尿病研究中心
- 幹細胞研究中心
- 醫學影像中心
所屬及附設單位
- 實驗動物中心
- 教學資源中心
- 核心實驗室
- 附設醫院：附設醫院緊鄰醫學院，共1,200床，提供臨床教學、醫療服務及醫學研究，是南部重要的醫療中心。
- 附設醫院斗六分院
- 附設醫院老人醫院(籌備中)
- 附設醫院沙崙醫院(籌備中)
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