學系

醫學系、護理學系、醫學檢驗生物技術學系、物理治療學系、職能治療學系、藥學系、牙醫系、公共衛生學系

醫學系下現有29個學科

• 基礎醫學學科(9)：
  解剖、生理、藥理、生物化學、微生物、寄生蟲、公共衛生、工業衛生、人文及社會醫學等學科
• 臨床醫學學科(21)：
  內科、外科、小兒科、婦產、泌尿、骨科、麻醉、神經、精神、耳鼻喉、皮膚、復健、眼科、家庭醫學、影像醫學、急診醫學、職業及環境醫學、腫瘤醫學、病理、高齡醫學、法醫等學科

研究所

• 碩士班：
  生物化學暨分子生物學研究所、藥理學研究所、生理學研究所、微生物及免疫學研究所、臨床藥學與藥物科技研究所、環境醫學研究所、行為醫 學研究所、分子醫學研究所、護理學研究所、公共衛生研究所、細胞生物與解剖學研究所、醫學檢驗生物技術研究所、物理治療研究所、職能治療研究所、口腔醫學研究所、老年學研究所、食品安全衛生暨風險管理研究所
• 博士班：
  基礎醫學研究所、臨床醫學研究所、環境醫學研究所、臨床藥學與藥物科技研究所、健康照護研究所、公共衛生研究所、跨領域神經科學國際博士學位學程、護理國際博士班

院級研究中心

• 嘉成高齡醫學研究中心
• 神經科學研究中心
• 東原糖尿病研究中心

所屬及附設單位

• 實驗動物中心
• 教學資源中心
• 附設醫院：附設醫院緊鄰醫學院，共1,200床，提供臨床教學、醫療服務及醫學研究，是南部重要的醫療中心。
  • 附設醫院斗六分院、附設醫院老人醫院(籌備中)、附設醫院沙崙醫院(籌備中)