本系於民國七十九年八月成立，原為復健醫學系物理治療組，至民國八十三年八月正式成為物理治療學系。本系師資陣容堅強， 教師專門領域包含:骨科物理治療、神經物理治療、小兒物理治療、心肺物理治療之臨床應用，以及老人物理治療、動態平衡與動作控制、姿態與步行控制、應用電生理學、生物力學、運動傷害治療與預防、癌症相關物理治療、婦女健康物理治療和兒童發展等研究方向。旨在培育優秀物理治療人才，強化學生在各專科的研究、教學、及臨床應用能力。採小班教學，高師生比，互動緊密融洽。

本系多次舉辦冬日及夏日學校，邀請國際學生參與，增加學生與國際生之間的交流以提生國際視野，共同拓展物理治療之專業價值。承襲成醫重視人文精神的傳統，強調學生紮實的物理治療理論基礎及負責務實的工作態度。除物理治療課程之外，本系附設物理治療中心，提供大四學生優質實習訓練課程與臨床服務。學生不僅在國家級成大醫院實習，同時有機會選擇到各大醫學中心或績優之區域醫院實習，更有到海外實習的機會，從實習開始即可為就業做準備；本系也購置大型研究設備(包含等多頻道肌電圖、腦電儀、跨顱電刺激、動作分析系統及心肺功能測試分析系統），提供豐富的環境開展研究生涯。

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