本系成立於民國七十二年八月，於七十三年二月招收首屆學士後醫學生，修讀四年醫學課程，實習一年；八十三學年度起停招。自八十一學年度起改為七年制，招收高中以上或同等學歷之學生；一0二學年度起修業年限改為六年，畢業時授予醫學士學位。

本系是國內南部第一所位於綜合大學校園內的醫學系，師資及課程安排多元化，亦充分享有綜合大學豐富且多樣的社團活動，是一所注重人文修養與藝術薰陶的醫學系。醫學系有周密的導師制度，學生在課業及生活上受到良好的照顧。此外，本校醫學院與醫院毗鄰而設，基礎與臨床教育融合一體，為一所學術自由、創造力蓬勃的醫學院。

學系教育目標是培育能夠提供完備醫療照顧能力的醫師，這樣的醫師必須具備相當的人文素養及醫學倫理精神，並有豐富的醫學知識、良好的溝通能力及能利用科學方法解決問題，他(她)具有終身學習的態度，既是科學家也是社會的公民。

學系教學方法朝向多媒體和網路教學發展(如：MOOCs線上課程)，並增加問題導向學習(PBL)、團體導向學習(TBL)及小班教學方式，以培養學生主動學習和團隊合作精神。

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